كانت بعض وظائف البنك المركزي قبل قيام بنك السودان مقسمة بين وزارة المالية والاقتصاد، لجنة العملة السودانية وفرع البنك الأهلي المصري فقد كانت وزارة المالية تحتفظ بجزء من الأرصدة الأجنبية الرسمية وتديرها عن طريق حسابين للإسترليني والدولار يديرهما على التوالي البنك الأهلي المصري وبنك باركليز (C. O. D) أما لجنة العملة فقد كانت تقوم بمهمة إصدار وإدارة العملة والاحتفاظ بالجزء الآخر من أرصدة البلاد بالعملة الأجنبية كغطاء للعملة، بينما كان فرع البنك الأهلي المصري يقوم بإدارة الأعمال المصرفية للحكومة إلى جانب قيامه بمهمة العمل كمصرف للبنوك التجارية. وكانت العملتان البريطانية والمصرية هما السائدتين حتى أنشئت لجنة العملة السودانية في عام 1956 حيث أصدرت أول عملة وطنية في 1958.
وبعد أن نال السودان استقلاله في 1956 برزت الحاجة لوجود بنك مركزي يحل محل الجهات التي تقوم بتنفيذ مهامه وذلك لتنظيم عملية إصدار النقود ورسم السياسات النقدية والتمويلية بغرض توجيه التمويل لخدمة القطاعات الاقتصادية ولحفظ حسابات الحكومة وليكون مستشارا لها في الشؤون المالية وتوفير النقد الأجنبي اللازم لإعادة تأهيل المشاريع التنموية القائمة ولبناء جهاز مصرفي قوى وفاعل لخدمة متطلبات التنمية الاقتصادية في البلاد، ومما زاد الحاجة لوجود بنك مركزي تبنى الدولة لبرامج اقتصادية طموحة في ذلك الوقت مما حتم ضرورة إيجاد سياسات نقدية وتمويلية تواكب و تلائم تلك البرامج الطموحة للاقتصاد السوداني.
لتحقيق ذلك وفى أواخر ديسمبر 1956 تم تشكيل لجنة من ثلاثة خبراء من بنك الاحتياطي الفيدرالي الأمريكي وهم Oliver Weale نائب رئيس الاحتياطي الفيدرالي لسان فرانسيسكو رئيسا وعضوية كل من Alan R. Holmes و Andrew F. Primer من الاحتياطي الفيدرالي لنيويورك لعمل دراسة مستفيضة في هذا الشأن والنظر في إمكانية إنشاء بنك مركزي بالسودان، بعد أن فرغت اللجنة من الدراسة ورفعت توصياتها تبع ذلك إصدار قانون بنك السودان لسنة 1959 وفتح البنك أبوابه للعمل في 22 فبراير 1960 كهيئة قائمة بذاتها لها شخصيتها الاعتبارية وصفة تعاقدية وخاتم عام يجوز لها التقاضي باسمها بصفتها مدعية أو مدعى عليها.
بعد إنشاء بنك السودان تولت الإدارة شخصيات سودانية ومن ثم تم إعفاء كبار موظفي البنك الأهلي المصري ذوي الجنسيات المصرية وكان أول محافظ هو السيد مأمون بحيري وتم الإبقاء على صغار الموظفين الذين كانوا يعملون مع البنك الأهلي، كما تم تعيين عدد مقدر من حملة الشهادات الجامعية إلى جانب استيعاب عدد من الموظفين الذين كانوا يعملون في وزارة المالية.